，1858年年底，中国的西部，发生了叛乱。
大小和卓之乱即清乾隆二十二年（1757年）新疆回部白山派首领霍集占兄弟所发动的叛乱。
大、小和卓是中国西北地区历史上两位著名的伊斯兰教领袖。大和卓是指波罗尼都[1]，新疆喀什噶尔人，伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的长子。小和卓指霍集占，伊斯兰教白山派和卓玛罕木特的幼子。和卓是波斯语的汉语音译，意思是“圣裔”，专指伊斯兰教创始者穆罕默德的子孙，后用来称呼伊斯兰教学者和大阿訇。
乾隆二十年（1755年）清军平定准噶尔后，将被囚禁的大小和卓释放，并派波罗尼都招抚天山南路各城。不久阿睦尔撒纳发动叛乱，和卓兄弟乘机控制了喀什噶尔、叶尔羌（今新疆莎车）等地。[2-3]
乾隆二十二年（1757年），霍集占杀死清军副都统阿敏道，举兵自立。次年（1758年），乾隆皇帝发兵征讨大小和卓，在库车、叶尔羌、和阗等地与大小和卓交战。乾隆二十四年（1759年），大小和卓兵败西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部），被巴达克山首领素勒坦沙擒杀，叛乱遂平。大小和卓之乱的平定标志着清代中国统一战争的完成，也是乾隆皇帝的十全武功之一。此役之后，天山南路重新纳入中国版图，清代中国疆域臻于极盛。回部平定后，清廷设伊犁将军统辖新疆各部，设总理回疆事务参赞大臣管理回部。此后的六十多年中新疆没有发生大的动乱。
大小和卓降清
乾隆二十年（1755年）初，清军西征准噶尔，
清兵进入伊犁
清兵进入伊犁
定北将军班第、定边左副将军阿睦尔撒纳出北路，参赞大臣鄂容安、定边右副将军萨喇勒[14]出西路，两军约于博罗塔拉（博尔塔拉）会师。在进军途中，阿巴噶斯、哈丹等人率众投降。四月初八，波罗尼都来到西路军萨喇勒处投诚，称：“策妄阿喇布坦时将我父缚来为质，至今并不将我等放回。我等情愿带领属下三十余户投降大皇帝为臣仆”[15]。不久，霍集占亦随哈丹来降[16]，并称“若荷恩得回故土，情愿招服喀什噶尔、叶尔羌各处人众，同来归顺”[17]。五月，清兵进驻伊犁。班第拟送波罗尼都赴京朝觐，留霍集占在伊犁“照管游牧”，即管理被准噶尔迁至伊犁的回人（清代称维吾尔人为“回人”）。
六月，乌什伯克霍集斯诱擒准噶尔汗达瓦齐，将达瓦齐缚献清军，准噶尔汗国灭亡。此时，喀什噶尔的黑山派和卓玉素普（达涅尔之子）正计划向北进军。阿克苏的阿奇木伯克阿卜都瓜卜（霍集斯之兄）向班第提议：由清军派使者护送大小和卓之一前去喀什噶尔，“然后宣告他已被中国皇帝指定为该地区的统治者”[18]。于是班第派遣侍卫托伦泰与霍集斯护送波罗尼都南下招服喀什噶尔、叶尔羌，霍集占则仍留伊犁。托伦泰与波罗尼都在霍集斯家族的支持下，在乌什集结军队，击败了北上的黑山派，并乘胜南进。喀什噶尔的阿奇木伯克和什克开城投降。叶尔羌的黑山派首领和卓加罕（即雅库布，玉素普长兄）力战不敌，最后兵败被杀。[19]
阿睦尔撒纳之乱
清军占领伊犁后，朝廷以平定准噶尔大功告成，将西征大军撤回内地，仅留少量兵力驻守伊犁、乌鲁木齐等处。乾隆皇帝认为阿睦尔撒纳虽有觊觎准噶尔汗位之志，但“料伊亦不敢遽尔妄行”[20]，并指示诸大臣：阿睦尔撒纳“不过希图肥己，不必过于苛求”[21]。乾隆二十年（1755年）八月，阿睦尔撒纳在赴热河途中叛逃，潜往塔尔巴哈台。伊犁的宰桑、喇嘛起兵响应，攻占了伊犁城。霍集占在战乱中率所属维吾尔人逃离伊犁。同被准噶尔囚禁在伊犁的白山派额尔克和卓额色尹（霍集占族叔）、鄂托兰珠和卓玛木特等人不愿依附霍集占，逃往布鲁特部落及浩罕等地[22]。是年末，阿睦尔撒纳遣使至波罗尼都处，告知攻陷伊犁情形。波罗尼都等将托伦泰、特古斯（萨喇勒之兄）等人及蒙古官兵扣留[23]。乾隆二十一年（1756年）二月，定西将军策楞率西路清军收复伊犁，阿睦尔撒纳逃往哈萨克，形势再度逆转。五月，霍集占与波罗尼都会合。霍集占杀死阿睦尔撒纳派来的使者，将托伦泰送回；又以投诚为名，派人到清军大营探听消息[24]。
新疆自古多乱，如今又启祸端。