未来日记世界。天野雪辉三人创造的特殊空间内。
天野雪辉，秋濑或，我妻由乃三人站成等边三角形，围住了来自两个不同世界的盖亚和阿赖耶。七人身上都是一尘不染，连头发都没有一根乱的，完全想象不出他们已经经历了几天几夜的大战。
天野雪辉三人创造的这个特殊空间是专门针对盖亚和阿赖耶的。在这个空间内她们无法变幻形态，只能一直维持人形，而且在这里她们的力量无法恢复，只会越用越少。而天野雪辉三人则能从自己的世界中得到源源不断的补充。
在经历了几天几夜的战斗之后，两个世界的盖亚和阿赖耶虽然看起来和刚进来时一样，但其实她们的力量已经消耗了很多了。相较而言，天野雪辉三人只是精神有点疲惫而已。
虽然陷入了绝对不利的局面，但是两对盖亚和阿赖耶的组合并没有任何焦急慌张的样子。因为她们根本没有那种感情。依靠绝对理性思考的她们，现在想的只有一件事，那就是如何从这个特殊空间里脱身。
天野雪辉三人对视一眼，从三个方向同时发动了攻击。他们合力撑起一道结界，围住了四个萝莉控然后再一步一步的逼近。在占据了绝对优势的情况下，他们三人还是非常谨慎，他们打算把两组盖亚和阿赖耶慢慢磨死。
因为三人的小心谨慎，盖亚和阿赖耶没有找到一丝逃脱的机会。但是同时，他们战斗的时间也大大延长了。
时间在天野雪辉三人和盖亚，阿赖耶的战斗之间渐渐流逝。
因果律大圣堂。
连续工作了三个多星期的姆鲁姆鲁终于再也撑不住，一头栽倒在了她用来操纵因果律的机器上。
“我不行了～”姆鲁姆鲁这么说了一声之后就两眼变成圈圈，昏死了过去。
在姆鲁姆鲁倒下的同时，三个世界的因果律互相干扰，开始急剧变化。
……
远坂凛和卫宫士郎所在的世界，某片海域的上空。
一众轮回者们和之前圣杯战争的幸存者们正待在一朵巨大的白云上。这朵云非常巨大，而且上面有山有水，还有很多建筑，比起之前他们在重叠之地建造的那个简易的云上基地，这里简直能称得上是云上王国。
“啊～真是悠闲啊，悠闲的时候就应该睡觉。”大雄躺在云上，悠闲地晒着太阳。
“大雄，你又来了。”哆啦a梦一边吃着铜锣烧，一边对大雄说教。
“小杉已经步入s级了哦，你都不努力追赶一下吗？”哆啦a梦对大雄说道。
“哎呀，那家伙本来就是个天才嘛，我再怎么努力都是无法追上他的啦。”大雄无所谓的道。
小杉本来天赋就很好，又有哆啦a梦提供天才帽子，梦想成真药丸等等一系列外挂道具，修炼速度飞快。最重要的是，他本人还非常努力。大雄对他也蛮佩服的，不过佩服归佩服，要他学小杉那么努力修炼，他可做不到。
远坂凛和卫宫士郎此时正在云上王国的某处打情骂俏（其他人眼中）。虽然卫宫士郎和远坂凛以前就认识了，但他们以前的关系只比普通同学好一点。不过在经历了一场虎头蛇尾的圣杯战争之后。两人的迅速成为了朋友，然后又迅速地超越了朋友的界限。
在回到原世界之后，远坂凛和卫宫士郎发现，似乎是有一股莫名的力量在干涉，冬木市的突然消失竟然没有在世界上引起任何波澜。不过那些无家可归的人们都得到了妥善安排，他们关心的人也都平安无事。所以两人没有过多的追究这件事。
唯一有点麻烦的，就是卫宫士郎不知道该怎么和间桐樱解释她哥哥间桐慎二的死亡。卫宫士郎都不知道间桐慎二这个完全没有魔术才能的普通人是怎么掺和进圣杯战争的。不过间桐樱在得知间桐慎二的死讯之后，并没有多问，也没有太过悲伤，只是微微叹息了一声。
因为冬木市没了，远坂凛和卫宫士郎的家也没了。所以他们干脆搬到了轮回者们联合打造的云上王国里来住上一段时间。卫宫士郎本来还想把间桐樱和藤村大河也叫来。不过一来她们只是普通人，二来她们这几天已经找到了新住处，所以卫宫士郎也就没叫她们来。
姐姐伊莉雅也带着自己的女仆住到了云上王国。倒是搞得卫宫士郎有些尴尬。因为这些天他已经知道了伊莉雅是他养父卫宫切嗣的亲生女儿，也就是他的义姐。突然冒出来一个姐姐，卫宫士郎倒也不觉得有什么。可是这里还有另一个伊莉雅，总是一脸天真的叫另一个卫宫士郎哥哥。这让卫宫士郎感觉有点囧，明明我们长得一个样，为什么你是哥哥，我就成了弟弟？话说不管怎么看我年纪都比伊莉雅大吧？
葛木宗一郎已经去找了新的工作和住的地方，今天他是被邀请到云上王国来玩的。不过他虽然来了，但还是一副面无表情的模样，而且也没做什么事，让众人有些摸不着头脑。
两个世界的圣杯都已经被蚯蚓之王吞了，按理说圣杯战争现在已经结束了。不过英灵们发现自己还是无法回归英灵殿。除了吉尔伽美什不知所踪之外，其他的英灵都继续跟着自己的御主混。
来野巽和这两个人因为找不到可以回去自己世界的方法，现在也是住在云上王国。阿拉什和亚瑟两个英灵也是。
哆啦a梦和大雄这些轮回者们则是在这个世界搜集一些自己用的上资源。比如，远坂凛和卫宫士郎他们使用的魔术就挺有趣