所以，对这个问题，朱由栋的处理方式是在报纸上进行引导：圣人是没有问题的，大家看最近出土的原版论语，圣人的很多思想其实还是很合大家胃口的嘛。只是因为历代腐儒别有用心的偷换圣人的思想概念，以至于儒家变了味道。
所以，儒家是要整顿的，但是圣人的地位还是丝毫不能动摇的。
至于说孔府的问题嘛。
天启二年九月一日，朱由栋下旨，责成东厂、锦衣卫、刑部、礼部、都察院五部门组成联合专案组，彻查孔府后裔的血脉问题，以及近五十年来的一切违法问题。专案组将在曲阜、兖州府设立特别衙门，准许所有苦主前来告状！
与此同时，一队锦衣卫来到了衢州城，护送南孔的族长北上曲阜。